L’Association est créée en 1945 par quelques enseignants (instituteurs, professeurs de sciences naturelles) amoureux de la nature. L’objectif est alors d’organiser des sorties de groupes pour mieux faire connaître et aimer le pays orléanais à travers les sciences naturelles. Le 24 janvier 1946, elle est déclarée à la préfecture d’Orléans sous le nom de Les Naturalistes Orléanais. Le Siège social est alors au musée d’histoire naturelle, à Orléans. L’association a pour objectif de faire connaître l’Orléanais, y développer le goût des sciences naturelles et faciliter les études des spécialistes de ces sciences.
Paul Sougy est le premier président, Roger Gauthier le secrétaire et Bernard Perroneau le trésorier. Les autres membres fondateurs sont Jean Avezard et Lucien Fardet. Maurice Genevoix est le Président d’honneur.
Dans les années 1950, l’association dont le siège social est situé au Muséum de Sciences naturelles d’Orléans se structure peu à peu en diverses sections spécialisées qui ne prendront leur essor que quelques années plus tard : Botanique, Mycologie, Entomologie, Ornithologie, Archéologie, Géologie, Spéléologie, Histoire & Géographie locales sont les disciplines étudiées à cette époque. Les Naturalistes Orléanais reçoivent l’agrément du Ministère de la Jeunesse et des Sports au titre de la jeunesse et de l’éducation populaire.
En 1962, l’association créée la Station ornithologique de Saint-Pryvé-Saint-Mesmin avec un encadrement bénévole quasi-permanent en la personne de François Larigauderie. Toujours dans les années 1960, le Muséum de Sciences naturelles accueille pour la première fois en 1966 le salon du champignon qui existe depuis 10 ans. L’année suivante une salle Roger Gauthier est inaugurée le 14 janvier par le maire d’Orléans Roger Secrétain.
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